Según consta en archivos provinciales fue la actual ermita de San Sebastián la antigua iglesia del despoblado medieval de La Canal, y La Canal un barrio de la Villa cuya iglesia, hoy ermita, está situada a unos 300m a la salida de Yanguas dirección a Diustes. En el entorno nada hay que sugiera la existencia de un viejo pueblo, ni siquiera restos de cerámicas u otros materiales que confirmen sobre el terreno lo que las fuentes afirman. Sí que tienen fundamentos góticos algunos elementos de su estructura, aunque remozados con reformas y rehabilitaciones modernas y contemporáneas.
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